Dalam meningkatkan mutu belajar-mengajar, STT HKBP melaksanakan program reguler:
- Tenaga Pendidik (dosen tetap dan dosen tidak tetap) secara reguler meninjau kembali silabus, metode, dan sumber-sumber yang digunakan sebagai bahan perkuliahan.
- Masing-masing dosen dari rumpun yang sama secara teratur juga mengadakan pertemuan untuk melakukan evaluasi atas sejumlah mata kuliah dari rumpun yang bersangkutan.
- Mutu pelayanan tenaga penunjang akademik ditingkatkan melalui kursus/pelatihan dan studi lanjut yang sesuai dengan bidang tugas dan kesempatan masing-masing.
- Setiap enam bulan sekali diadakan evaluasi terhadap tenaga penunjang akademik.
- Mutu infrastruktur ditingkatkan melalui pembelian perangkat komputer baru, penggantian dan penambahan sarana belajar di ruang-ruang kelas dan ruang-ruang dosen.
- Meningkatkan koleksi buku-buku di perpustakaan dengan melakukan pembelian buku di dalam maupun di luar negeri.
- Mahasiswa memperoleh umpan balik dari dosen melalui evaluasi hasil ujian dan pembahasan hasil Indeks Prestasi Kumulatif (IPK). Evaluasi mahasiswa itu dilakukan dosen yang bersangkutan melalui tugas-tugas yang diberikan sepanjang semester, ujian tengah semester, dan ujian akhir semester.
- Beberapa dosen memberikan kembali hasil koreksi terhadap kertas ujian mahasiswa agar mahasiswa dapat mengetahui kekurangan atau kesalahannya.
- Dosen Pembimbing Akademik memberi perhatian khusus kepada para mahasiswa yang prestasi belajarnya menurun, atau yang menghadapi hambatan belajar.
- Setiap mahasiswa akan didampingi oleh Dosen Pembimbing Akademik sampai dengan mahasiswa yang bersangkutan tamat belajar dari STT HKBP. Dengan demikian setiap mahasiswa akan terus dimonitor perkembangannya. Dengan cara ini, para mahasiswa tertolong menjalani proses belajar yang optimal di STT HKBP.
- Untuk mata kuliah praktikum, seperti: Praktik Lapangan, mahasiswa dibimbing oleh team teaching yang terdiri dari lima orang dosen dari berbagai bidang, seperti Biblika, Praktika dan Pengajaran. Mahasiswa peserta praktik lapangan dapat tinggal di rumah jemaat (live in) atau tinggal di asrama. Team Teaching akan melakukan visitasi terhadap pelaksanaan praktik lapangan. Praktik lapangan dilaksanakan selama satu semester. Kegiatan praktikum ini dirasakan sangat bermanfaat oleh para mahasiswa karena mereka berhadapan langsung dengan persoalan konkret di lapangan, yang kelak akan mereka hadapi setelah tamat belajar dari STT HKBP. Motivasi mereka untuk mempersiapkan diri lebih baik, karena telah diperkuat oleh pengalaman dari praktikum ini
